以前「イラレでもズレませんブレません」という記事で「プレビュー境界を使用にチェックをいれる」と書いたのですが、時と場合によるので補足です。



プレビュー境界を使用 というのは、座標を使って位置指定をする場合、効果を含めたオブジェクト全体で指定される、という意味です。
チェックを入れなければオブジェクトのパスの座標で指定されます。

左はプレビュー境界を使用にチェックを入れた場合。
座標をx:0/y:0にすると、効果も含めた全体の位置に設定されます。
外側に1pxの線、さらにその外側に3px分のシャドウがかかっていますので、パスの位置は4pxずつズレて見えます。

右がプレビュー境界を使用にチェックを入れていない場合。
外側に1pxの線、さらにその外側に3px分のシャドウがかかっていますが、効果に関わらず、オブジェクトのパスが座標の数値になります。

スライスを切る時は線なし塗りのみのチェックなしでやったほうが安全かもしれません。